中葡兩國政府由1987年4月13日正式簽署《中葡聯合聲明》至1999年12月20日澳門政權移交期間的十多年，被稱為過渡期。
1988年1月15日，中华人民共和国外交部已公佈了中葡聯合聯絡小組和中葡土地小組中方成員的名單，就澳門過渡期間之問題進行了磋商。同年4月13日，第七届全国人民代表大会第一次会议決定成立“澳門特別行政區基本法起草委員會”[參 37]，1988年10月25日“澳門特別行政區基本法起草委員會”便開始在北京召開第一次的全體會議，當中通過起草工作的大體規劃和步驟，並決定籌組“澳門特別行政區基本法咨詢委員會”。終於在1993年3月31日，全國人民代表大會通過了《中華人民共和國澳門特別行政區基本法》[參 38]，此標誌著澳門進入了過渡期的后半段（或稱后過渡期）。
在籌組澳門特別行政區第一屆政府、立法會和司法機關方面，一切按照《全國人民代表大會關於澳門特別行政區第一屆政府、立法會和司法機關產生辦法的決定》之規定產生。澳門特別行政區籌備委員會負責籌備成立澳門特別行政區的有關事宜，並負責籌組由200位有代表性的澳門人士組成澳門特別行政區第一屆政府推選委員，再利用協商與提名選舉方式產生第一任澳門特別行政區行政長官，提交中華人民共和國中央人民政府（國務院）任命。結果在1999年5月15日舉行的澳門特區首任行政長官競選中，何厚鏵以近82％的支持率在兩名候選人中勝出。
而澳門立法會的組成，則按《澳門特別行政區基本法》的有關規定，由澳葡政府最後一屆立法會的成員，並符合由選舉產生的議員如擁護《中華人民共和國澳門特別行政區基本法》、願意效忠中華人民共和國澳門特別行政區和符合澳門特別行政區基本法規定條件者，經澳門特別行政區籌備委員會確認，即可成為澳門特別行政區第一屆立法會議員。若有議員缺額，才由澳門特別行政區籌備委員會決定補充。司法機關方面，澳門特別行政區法院由澳門特別行政區籌備委員會依照《澳門特別行政區基本法》負責籌組。
在整段過渡期內，澳葡政府在中方的督促下，採取了三大措施，確保澳門政權順利交接，包括中文合法化、公務員本地化和法律本地化，合稱“三化”。[參 39]
中葡友好紀念物系列的最後一件作品——觀音蓮花苑
中文合法化：在被葡萄牙統治時期，葡文一直是澳門的官方語言；反觀中文，卻一直沒有官方地位。對於主要為華人居民的澳門，這是不利居民和不利經濟發展的障礙。中國外長錢其琛在1991年訪問葡萄牙時，兩國就此问题達成協定，從此中文取得了官方地位，與葡文並列成為澳門的官方語言。[參 40]儘管如此，澳門末任總督韦奇立直到在主权移交的前一個星期（1999年12月13日）才發佈行政命令，把中文正式列為澳門的官方語言。[參 41]
公務員本地化：既然葡文是澳門的官方語言，澳門的葡萄牙人和土生葡人一直受到特別的重用，為澳葡政府的中上層公務員；反觀華人公務員，普遍是職級低和人數有限。而在澳門政權移交期間，定必有很多葡萄牙人選擇離職。若要到澳門正式政權移交時才任命高級華人之公務員，管理層的接班與行政經驗定必不利於澳門政權的交接。因此，澳葡政府在《聯合聲明》簽署後，開始分階段、較有秩序地培養本地公務員，具體措施包括與葡萄牙國家行政學院合作，在東亞大學開設公共行政碩士課程、舉辦“赴葡就讀計劃”和“赴京就讀計劃”，以及設立“司長助理”一職等。但是，公務員本地化的進度一直被認為相當緩慢，外界更以“坐直升機”來形容本地化公務員在當時獲快速晉升的情況，導致本地公務員在各方面都未能吸取充分的業務經驗。而葡方堅持政務司級官員不作本地化，雖然在政治上無可厚非，但也使將來的特區政府需要在經驗不足的本地公務員隊伍中選拔人才，建立管治班子，不利於整個行政架構的順利運作。
法律本地化：澳門在澳葡時期的法律全都是葡文而且繁瑣，有些是根據數百年前的葡萄牙法律制訂，一些內容則帶有殖民主義色彩，又有一些是直接從葡萄牙制訂，延伸至澳門適用的葡萄牙全國性法律。因此，在過渡期內，十分需要將此等法律加以清理修訂，使之成為政權移交後適用於澳門的法律。司法人員本地化也是法律本地化的另外一項主要工作。澳門政府成立“法律翻譯辦公室”，開始對澳門的主要法律進行中譯工作，並於1996至1999年期間，分別頒佈構成澳門法律體系的五大框架法典，即《刑法典》、《刑事訴訟法典》、《民法典》、《民事訴訟法典》和《商法典》。另外，又在澳門大學開設法律系，於1995年又成立司法官培訓中心，培養本地法律人才。
另一個受關注的問題是澳門居民的去留。由於對政權移交的憂慮，很多葡萄牙人和土生葡人選擇離開澳門，但現今的澳門特別行政區內仍有約近3%人口為葡萄牙人和土生葡人。至於澳門的華人，過渡期卻未見有大規模的移民潮。事實上，很多澳門出生的華人和土生葡人都持有在歐盟通用的葡萄牙護照，可自由出入歐盟國家[參 42]。政權交接前，澳門居民普遍關心的，主要是經濟與治安不佳等社會問題。[參 43]
過渡期間的澳葡政府自1993年起，每年耗資興建中葡友好紀念物。